有本さまでございますか？             

×　誤りです。「ございます」は丁寧語なので敬意は含まれていません。

  相手に敬意を表するならば、言葉の上では「尊敬語」か「謙譲語」を使うのが本筋。「有本さまでいらっしゃいますか？」というのが正しい使い方です。「ございます」の基本語は「ある」です。昔は「誰かある」などのように人間の存在に対しても使いましたが、今は人に対しては使いません。「いる」の尊敬語は「いらっしゃる」です。